| Kursa nosaukums | Datu bāzes bioinformātikā un lauksaimniecībā |
| Kursa kods | InfT5004 |
| Zinātnes nozare | Informācijas tehnoloģija (nav zn) |
| Kredītpunkti (ECTS) | 4.5 |
| Kopējais stundu skaits kursā | 121.5 |
| Priekšzināšanas Kursam priekšzināšanas nav nepieciešamas |
|
| Kursa anotācija | |
| Students gūst priekštatu par bioinformātikas galveno sadaļu - bioinformācijas datu bāzēm un to apstrādi. Iepazīstas ar pasaulē publiski pieejamām bioinformācijas datu bāzēm. Iemācās piekļūt un izmantot šos bāzu datus. Iepazīstas arī ar Latvijā izveidotajām lauksaimniecības nozarē izmantojamajām datu bāzēm un reģistriem | |
| Kursa saturs(kalendārs) | |
| 1 Bioinformācijas datu bāzes, glabājamo datu formāti, analoģisko bāzu savstarpējā saistība
2 Datu meklēšanas un atlases iespējas un izmantojamie rīki. 3 Lielākās DNS datu krātuves (EMBL, GenBank, DDBJ, SWISS-PROT, u.c.). 4 Specializētās bioinformācijas datu bāzes (DNS virkņu, RNS, gēnu ekspresiju, gēnu karšu, olbaltumvielu u.c.). 5 Proteīna informācijas datu bāzu, to iedalījums – primārās un sekundāras. 6 Datu bāzu izmantošanas iespējas (datu atlase, papildināšana). 7 Iespējamie risinājumi bioinformācijas datu bāzēs datu glabāšanai, attēlošanai, pieejai un analīzei. 8 Bioinformāciju datu bāzu apkopojošās bāzes. 9 Latvijā izmantojamie vienotie lauksaimniecības datu reģistri un datu bāzes. 10 Vienota Latvijas valsts iedzīvotāju genoma datu bāze. 11 Latvijas valsts liellopu reģistrs. 12 Latvijas valsts ganāmpulku reģistrs. 13 Tuvākajā nākotnē veidojamie un publicējamie valsts nozīmes reģistri. 14 Kopsavilkums. |
|
| Prasības kredītpunktu iegūšanai | |
| Izpildīti un aizstāvēti 3 mājas darbi Izstrādāts un aizstāvēts kursa darbs | |
| Obligātā literatūra | |
| 1. Teresa K. Attwood, David J. Parry-Smith, Introduction to Bioinformatics, Prentice Hall 2001,
2. Jean-Michel Claverie, Cedric Notredame, Bioinformatics for Dummies, Wiley, 2003 3. Scott Markel, Darryl Leon, Sequence Analysis in a Nutshell A Guide to Common Tools and Databases, 2003., 302.p. |
|
| Papildliteratūra | |
| 1. James Tisdall, Beginning Perl for Bioinformatics, O’Reilly 2001., 384 p. 2. Cynthia Gibas, Per Jambeck, Developing Bioinformatics Computer Skills, O’Reilly, 2001., 446 .p. | |
| Piezīmes | |
| Obligātais studiju kurss ITF maģistrantiem - virziens "IT biosistēmās". | |