Excel
Kursa nosaukums Biosistēmu modelēšanas pamati
Kursa kods InfT3015
Zinātnes nozare Elektrotehnika, elektronika, informācijas un komunikāciju tehnoloģijas
Zinātnes apakšnozare Datorvadība
Kredītpunkti (ECTS) 3.75
Kopējais stundu skaits kursā 101.25
Lekciju stundu skaits 24
Semināru un praktisko darbu stundu skaits 16
Kursa apstiprinājuma datums 19/10/2011
Atbildīgā struktūrvienība Datoru sistēmu un datu zinātnes institūts
 
Kursa izstrādātājs(-i)
Dr. sc. ing., Egils Stalidzāns

Priekšzināšanas
Kursam priekšzināšanas nav nepieciešamas
 
Kursa anotācija
Biosistēmu modelēšana ir iedarbīgs līdzeklis bioloģisku objektu darbības izpratnes uzlabošanai dažādos modelēšanas mērogos: iekššūnu bioķīmiskie procesi, šūnu komunikācija, audi, orgāni, organisms, orgāns, populācija un ekosistēma. Kursā paredzēts dot ieskatu dažādu līmeņu bioprocesu modelēšanas īpatnībās un kopīgajās īpašībās vēršot uzmanību uz piemērotu programmproduktu izvēli dažādu modelēšanas mērogu gadījumā.
Kursa rezultāti un to vērtēšana
• Zināšanas par dažādu mērogu bioloģisko sistēmu modelēšanas īpatnībām un atšķirīgu mērogu modeļu savstarpējo saistību;
• prasmes izvēlēties modelējamajai bioloģiskajai problēmai piemērotu modelēšanas mērogu un programmproduktu, spēt interpretēt modelēšanas rezultātus; • kompetence izmantot Matlab un brīvpieejas programmproduktus bioloģisku problēmu risināšanā darbojoties individuāli vai grupā, spēt pamatot modelēšanas nozīmi un ekonomisko efektu ar bioprocesiem saistītu ražošanas uzņēmumu pārstāvjiem.
Kursa saturs(kalendārs)
1 Intergrējoša elementa dinamiska modeļa izveide.
2 Intergrējoša elementa dinamiska modeļa izveide.
3 Intergrējoša elementa dinamiska modeļa izveide.
4 Intergrējoša elementa dinamiska modeļa izveide.
5 Stehiometriskā modeļa izveide.
6 Stehiometriskā modeļa izveide.
7 Stehiometriskā modeļa izveide.
8 Dinamiskā modeļa izveide.
9 Dinamiskā modeļa izveide.
10 Dinamiskā modeļa izveide.
11 Dinamiskā modeļa analīze.
12 Dinamiskā modeļa analīze.
13 Dinamiskā modeļa analīze.
14 Dinamiskā modeļa optimizācija.
15 Dinamiskā modeļa optimizācija. 16 Dinamiskā modeļa optimizācija.
Prasības kredītpunktu iegūšanai
Izstrādāts un aizstāvēts praktiskais darbs.
Obligātā literatūra
1. Selga T. Šūnu bioloģija. Rīga: LU Akadēmiskais apgāds. 2008. 343 lpp.
2. Palsson B. O. Systems Biology: Properties of Reconstructed networks, Cambridge University Press, 2006. 3. Renshaw E. Modelling biological populations in space and time. Cambridge University Press, 1995.
Papildliteratūra
1. Szallasi Z., Stelling J., Periwal V. System Modelling in Cell Biology from concepts to nuts and bolts, MIT Press, 2006.
Piezīmes
Virziena speciālais kurss akadēmiskā studiju programma “Datorvadība un datorzinātne”.