| Kursa nosaukums | Šūnu vadības procesu analīze |
| Kursa kods | InfT3010 |
| Zinātnes nozare | Informācijas tehnoloģija (nav zn) |
| Kredītpunkti (ECTS) | 3 |
| Kopējais stundu skaits kursā | 81 |
| Lekciju stundu skaits | 16 |
| Semināru un praktisko darbu stundu skaits | 16 |
| Studenta patstāvīgā darba stundu skaits | 49 |
| Kursa izstrādātājs(-i) | |
| Dr. sc. ing., Egils Stalidzāns |
|
| Priekšzināšanas Kursam priekšzināšanas nav nepieciešamas |
|
| Kursa anotācija | |
| Šūna kā dzīvo organismu struktūrelements. Šūnu struktūrbioloģija. Signalizācijas un vielmaiņas tīkli telpā un laikā. Stabilitāte, multistabilitāte. Vadības loki. Pozitīvās un negatīvās atgriezeniskās saites. Šūnu molekulāro procesu modeļu datu bāzes. Systems Biology Markup Language (SBML) modeļu izveides standarts. SBML standarta modelēšanas programmpaketes. COPASI, CellDesigner, MatLab utt. | |
| Kursa saturs(kalendārs) | |
| 1 Šūnas, to iedalījums un daudzveidība un kopējās īpašības. Struktūrbioloģija.
2 Bioloģisko molekulu pamatgrupas un to īpašības. 3 Šūnas procesu vadības tehnoloģiju pielietojums dažādos biotehnoloģijas aspektos: medicīnā, veterinārmedicīnā. 4 Šūnas procesu vadības tehnoloģiju pielietojums pārtikas tehnoloģijās, ekoloģijā, bioenerģētikā 5 Signalizācijas un vielmaiņas tīkli telpā un laikā. Dažādi procesu apraksta veidi. 6 Stabilitāte, multistabilitāte. Vadības loki. Pozitīvās un negatīvās atgriezeniskās saites. 7 Iteratīvā zinātniskās pētniecības pieeja: eksperimentu un modelēšanas cikls. 8 Procesu modelēšanas posmi: struktūras modelis. 9 Procesu modelēšanas posmi: funkcionālais modelis. 10 Procesu modelēšanas posmi: validācija. 11 Šūnu molekulāro procesu modeļu datu bāzes. Systems Biology Markup Language (SBML) modeļu izveides standarts. 12 SBML standarta modeļi. SBML standarta modelēšanas programmpaketes. COPASI, CellDesigner. 13 Vispārēja pielietojuma programmpaketes MatLab, Powersim un citas. Bioprocesu vadības analīzes un apraksta meto 14 Bioprocesu vadības izstrādes nepieciešamība un priekšnosacījumi. 15 Bioloģiskās vadības sistēmas (BVS) un mākslīgās vadības sistēmas (MVS). 16 Šūnu vadības procesu pētnieku konsorciji un starptautiskās iniciatīvas. |
|
| Prasības kredītpunktu iegūšanai | |
| Ir izstrādāts un aizstāvēts praktiskais darbs. | |
| Obligātā literatūra | |
| 1. Campbell N.A., Reece J.B. (2005) Biology, 7-th Edition, Pearson Education, 1231 p.
2. Klipp E., Herwig R., Kowald A., Wierling C., Lehrach H. (2006). Systems Biology in Practice. Concepts, Inplementation and Application. WILEY-VCH Verlag GmbH&Co KgaA. 465 3. Gene Regulation and Metabolism. Postgenomic Computational Approaches. (2002) Ed. Julio Collado-Vides, Ralf Hofestaedt. Massachusets Institute of Technology, 309 p. 4. Systems Biology. Definitions and Perspectives. (2005) Editors L. Alberghina, H.V. Westerhoff, Springer, 408 p. |
|
| Papildliteratūra | |
| 1. Dorf R.C., Bishop R.H. (2005). Modern Control Systems, Tenth edition. Pearson Education , Inc. Pearson Prentice Hall. 634 p.
2. Osis J., (1969) Automātiskā vadība un regulēšana. Rīga, Zvaigzne. 3. Wiener, Norbert (1961). Cybernetics or control and communication in the animal and the machine. Second edition. New York – London. 4. Saterbak A., Mc Intire L.V., San K. (2007) Bioengineering Fundamentals. Pearson Education Inc., p.540. |
|
| Periodika un citi informācijas avoti | |
| 1. Journal of Mathematical Biology, Springer.
2. Journal of Computational Biology. 3. Biocontrol Science and Technology 4. Biology of the Cell |
|
| Piezīmes | |
| Obligātais studiju priekšmets pilna un nepilna laika studijās ITF maģistrantiem studiju programma"Informācijas tehnoloģijas" apakšvirziens"Informācijas tehnoloģijas biosistēmās" un izvēles priekšmets pārējiem virzieniem". | |