| Kursa nosaukums | Datu struktūras un algoritmi bioinformātikā II |
| Kursa kods | Biol6011 |
| Zinātnes nozare | Bioloģija |
| Kredītpunkti (ECTS) | 4.5 |
| Kopējais stundu skaits kursā | 121.5 |
| Lekciju stundu skaits | 16 |
| Laboratorijas darbu stundu skaits | 16 |
| Kursa izstrādātājs(-i) | |
| Dr. agr., prof. Līga Paura |
|
| Priekšzināšanas Kursam priekšzināšanas nav nepieciešamas |
|
| Kursa anotācija | |
| Students iepazīstas ar salīdzinoši sarežģītākām bioinformātikas problēmām, to risināšanas metodēm un algoritmiem. Akcentētas ir bioinformātikas tēmas, kurām jau šobrīd ir praksē nozīmīgi risinājumi (filoģenētiskie koki, mašīnmācīšanās un datizraces pielietojumi bioinformātikā u.c.). Students iepazīstas ar algoritmiem šo problēmu risināšanai, pieejamo programmatūru un datu bāzēm. | |
| Kursa saturs(kalendārs) | |
| 1 Filoģenētiskie koki. Filoģenētisko koku tipi.
2 Bioloģiskie modeļi. Molekulārais pulkstenis. 3 Ultrametriskas attālumu matricas un koki. Aditīvas attālumu matricas un koki. 4 Heiristiskas metodes koku konstruēšanai - UPGM, Neighbour Joining. 5 Koku novērtēšana, Bootstrapping un Jack knife metodes. 6 Programmas filoģenētisko koku konstruēšanai un vizualizācijai. 7 Filoģenētisko koku salīdzināšana. 8 Mašīnmācīšanās un datizraces metodes bioinformātikā. 9 Datizrace. Pamatnostādnes. Klāsterizācija un klasifikācija. 10 Datizraces pielietojumi bioinformātikā. 11 Mašīnmācīšanās un datizraces metodes bioinformātikā. 12 Molekulārās virsmas modelēšana. 13 "Protein docking" problēma, tās risināšanas metodes. 14 Programmas proteīnu mijiedarbības modelēšanai. 15 Proteīnu struktūru prognozēšana - pamatnostādnes un risināšanas metodes. 16 Mikromasīvu tehnoloģija un datu analīzes metodes. |
|
| Prasības kredītpunktu iegūšanai | |
| Sekmīgi aizstāvēti 6 laboratorijas darbi. Izstrādāts un aizstāvēts kursa darbs. | |
| Obligātā literatūra | |
| 1. Neil C. Jones, Pavel A. Pevzner. An Introduction to Bioinformatics Algorithms , MIT Press, 2004 2. Michael S. Waterman. Introduction to Computational Biology, Chapman & HALL/CRC, 1995 | |
| Papildliteratūra | |
| 1. Ingvar Eidhammer, Inge Jonassen, William Taylor. Protein Bioinformatics, Wiley, 2004 2. Marco Salemi, Anne-Mieke Vandamme. The Phylogenetic Handbook: A Practical Approach to DNA and Protein Phylogeny, Cambridge University Press, 2003 | |
| Periodika un citi informācijas avoti | |
| 1. Journal of Theoretical and Applied Information Technology. http://jatit.org/volumes.php | |
| Piezīmes | |
| Obligātais speciālais kurss ITF maģistrantiem studiju programma "Informācijas tehnoloģijas" apakšvirziens "IT biosistēmās" un izvēles priekšmets pārējiem ITF maģistrantiem (pilna un nepilna laika studijās), eksāmens. | |