| Kursa nosaukums | Ievads bioinformātikā |
| Kursa kods | Biol5005 |
| Zinātnes nozare | Bioloģija |
| Zinātnes apakšnozare | Biometrija un bioinformātika |
| Kredītpunkti (ECTS) | 9 |
| Kopējais stundu skaits kursā | 243 |
| Studenta patstāvīgā darba stundu skaits | 243 |
| Priekšzināšanas Kursam priekšzināšanas nav nepieciešamas |
|
| Kursa anotācija | |
| Maģistranti iepazīstas ar bioinformātikas uzdevumiem, to risināšanas metodēm un aktuālām zinātniskām problēmām, kā arī gūst priekšstatu par galvenajiem internetā pieejamiem bioinformātikas resursiem. Uzmanība tiek pievērsta bioinformātikā lietotajiem algoritmiem un algoritmu izstrādei bioloģisko problēmu risināšanai. | |
| Kursa saturs(kalendārs) | |
| 1 Bioinformatikas problēmas. Saistība ar biologiju un datorzinātnēm. Bioinformātikas pielietošanas joma.
2 Divi svarīgākie fakti no molekulārās bioloģijas. Pamatpieņēmumi par dzīvajiem organismiem. 3 Molekulārās bioloģijas "dogma" svarīgakie fakti no datorzinātnēm. 4 Algoritmi bioloģisko virkņu salīdzināšanai. 5 Internetā pieejamās bioloģisko virkņu datubāzes un meklēšanas/salīdzināšanas programmas. 6 Daudzu virkņu vienlaicīgas salīdzināšanas (MSA) problēma. 7 Slēptie Markova modeļi (HMM). 8 Bioloģisko datu klāsterizācija. 9 Filoģenētiskie (evolūcijas) koki. 10 Struktūru salīdzināšana un prognozēšana. 11 Data mining un mašīnmācīšanās metodes un to pielietojumi bioinformātikā. 12 Genomika – genomu sekvencēšana un gēnu prognozēšana. 13 Mikromasīvu analīze un ģenētiskie tīkli. 14 Salīdzinošā genomika un haplotipi. |
|
| Prasības kredītpunktu iegūšanai | |
| Eksāmena vērtējums ir atkarīgs no semestra kumulatīvā vērtējuma: 1.kontroldarbs: 25 punkti; 2. kontroldarbs: 25 punkti; eksāmens rakstiski: 50 punkti. 10 punkti veido eksāmena atzīmes 1 balli. | |
| Obligātā literatūra | |
| 1. Pavel Pevzner. Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach. The MIT Press 2000.
2. Teresa K. Attwood, David J.Parry-Smith. Introduction to Bioinformatics. Prentice Hall 2001. 3. Dan Gusfield. Algorithms on Strings Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press 1997. |
|
| Papildliteratūra | |
| 1. Thomas H. Cormen, Charles E. Leiserson, Ronald L. Rivest, Clifford Stein. Introduction to Algorithms, The MIT Press 2001 (2nd ed.) | |
| Periodika un citi informācijas avoti | |
| 1. Open Access journal - BMC Bioinformatics. Published by BioMed central | |
| Piezīmes | |
| Obligātais speciālais kurss ITF maģistrantiem, 1.kursa 1.semestrī pilna laika maģistra akad. stud. progr. „Informācijas tehnoloģijas” virziens „Informācijas tehnoloģijas biosistēmās”, eksāmens. | |