| Kursa nosaukums | Ievads bioinformātikā |
| Kursa kods | Biol4003 |
| Zinātnes nozare | Bioloģija |
| Kredītpunkti (ECTS) | 3 |
| Kopējais stundu skaits kursā | 81 |
| Lekciju stundu skaits | 16 |
| Laboratorijas darbu stundu skaits | 16 |
| Studenta patstāvīgā darba stundu skaits | 49 |
| Kursa izstrādātājs(-i) | |
| Dr. agr., prof. Līga Paura Dr. sc.ing., asoc. prof. Laima Bērziņa |
|
| Priekšzināšanas Kursam priekšzināšanas nav nepieciešamas |
|
| Kursa anotācija | |
| Maģistranti iepazīstas ar bioinformātikas uzdevumiem, to risināšanas metodēm un aktuālām zinātniskām problēmām, kā arī gūst priekšstatu par galvenajiem internetā pieejamiem bioinformātikas resursiem. Uzmanība tiek pievērsta bioinformātikā lietotajiem algoritmiem un algoritmu izstrādei bioloģisko problēmu risināšanai. | |
| Kursa saturs(kalendārs) | |
| 1 Bioinformatikas problēmas. Saistība ar biologiju un datorzinātnēm. Bioinformātikas pielietošanas joma.
2 Divi svarīgākie fakti no molekulārās bioloģijas. Pamatpieņēmumi par dzīvajiem organismiem. 3 Molekulārās bioloģijas "dogma" svarīgakie fakti no datorzinātnēm. 4 Darbs ar vienu DNS virkni. . 5 Internetā pieejamās bioloģisko virkņu datubāzes un meklēšanas/salīdzināšanas programmas. 6 Divu virkņu salīdzināšana. 7 Algoritmi bioloģisko virkņu salīdzināšanai. 8 Daudzu virkņu vienlaicīgas salīdzināšana. 9 Filoģenētiskie (evolūcijas) koki. 10 Struktūru salīdzināšana un prognozēšana. |
|
| Prasības kredītpunktu iegūšanai | |
| Eksāmena vērtējums ir atkarīgs no semestra kumulatīvā vērtējuma: 1.kontroldarbs: 25 punkti; 2. kontroldarbs: 25 punkti; eksāmens rakstiski: 50 punkti. 10 punkti veido eksāmena atzīmes 1 balli. | |
| Obligātā literatūra | |
| 1. Pavel Pevzner. Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach. The MIT Press 2000.
2. Teresa K. Attwood, David J.Parry-Smith. Introduction to Bioinformatics. Prentice Hall 2001. 3. Dan Gusfield. Algorithms on Strings Trees and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press 1997. |
|
| Papildliteratūra | |
| 1. Thomas H. Cormen, Charles E. Leiserson, Ronald L. Rivest, Clifford Stein. Introduction to Algorithms, The MIT Press 2001 (2nd ed.) | |
| Periodika un citi informācijas avoti | |
| 1. Open Access journal - BMC Bioinformatics. Published by BioMed central. | |
| Piezīmes | |
| Izvēles kurss maģistrantiem un bakalauriem, eksāmens. | |