Kursa kods InfT4038
Kredītpunkti 3
Biosistēmu modelēšanas pamati
Zinātnes nozareInformācijas tehnoloģija (nav zn)
Kopējais stundu skaits kursā81
Lekciju stundu skaits16
Laboratorijas darbu stundu skaits16
Studenta patstāvīgā darba stundu skaits49
Kursa apstiprinājuma datums10.03.2015
Atbildīgā struktūrvienībaDatoru sistēmu un datu zinātnes institūts
Kursa izstrādātājs
Egils Stalidzāns
Dr. sc. ing.
Kursa anotācija
Biosistēmu modelēšana ir iedarbīgs līdzeklis bioloģisku objektu darbības izpratnes uzlabošanai dažādos modelēšanas mērogos: iekššūnu bioķīmiskie procesi, šūnu komunikācija, audi, orgāni, organisms, orgāns, populācija un ekosistēma. Kursā paredzēts dot ieskatu dažādu līmeņu bioprocesu modelēšanas īpatnībās un kopīgajās īpašībās vēršot uzmanību uz piemērotu programmproduktu izvēli dažādu modelēšanas mērogu gadījumā.
Kursa rezultāti un to vērtēšana
Studiju kursa apguves rezultātā studenti iegūst:
• zināšanas par dažādu mērogu bioloģisko sistēmu modelēšanas īpatnībām un atšķirīgu mērogu modeļu savstarpējo saistību;
• prasmes izvēlēties modelējamajai bioloģiskajai problēmai piemērotu modelēšanas mērogu un programmproduktu, spēt interpretēt modelēšanas rezultātus;
• kompetence izmantot Matlab un brīvpieejas programmproduktus bioloģisku problēmu risināšanā darbojoties individuāli vai grupā, spēt pamatot modelēšanas nozīmi un ekonomisko efektu ar bioprocesiem saistītu ražošanas uzņēmumu pārstāvjiem.
Kursa saturs(kalendārs)
1 Modeļu izveide un analīze.
2 Modeļu izveide un analīze.
3 Trīs reakciju stehiometriskā modeļa izveide ar rīku FAME.
4 Trīs reakciju stehiometriskā modeļa izveide ar rīku FAME.
5 Rauga glikolīzes modeļa izveide.
6 Rauga glikolīzes modeļa izveide.
7 Trīs reakciju dinamiska modeļa izveide ar COPASI.
8 Trīs reakciju dinamiska modeļa izveide ar COPASI.
9 Rauga glikolīzes modelēšana un optimizācija.
10 Rauga glikolīzes modelēšana un optimizācija.
Prasības kredītpunktu iegūšanai
Izstrādāts un aizstāvēts laboratorijas darbs. Laboratorijas darbu izpildes (apraksta) pārbaude, ieskaite ar atzīmi.
Obligātā literatūra
1. Osis J. Automātiskā vadība un regulēšana. Rīga: Zvaigzne, 1969.
2. Selga T. Šūnu bioloģija. LU Akadēmiskais apgāds. Rīga, 2007.
3. Palsson B.O. Systems Biology: Properties of Reconstructed networks. Cambridge: University Press, 2006.
4. Campbell N.A., Reece J.B. Biology. 7-th edition. San Francisco etc.: Pearson/Benjamin Cummings, 2005. 1231 p.
Papildliteratūra
1. Szallasi Z., Stelling J., Periwal V. System Modelling in Cell Biology from concepts to nuts and bolts. MIT Press, 2006. Nav Latvijas lielākajās b-kās
Periodika un citi informācijas avoti
Ierobežotās izvēles studiju kurss akadēmiskās bakalaura studiju programmas „Datorvadība un datorzinātne”.