Kursa kods InfT2020

Kredītpunkti 4.50

Biosistēmu modelēšana

Zinātnes nozareElektrotehnika, elektronika, informācijas un komunikāciju tehnoloģijas

Zinātnes apakšnozareDatorvadība

Kopējais stundu skaits kursā120

Lekciju stundu skaits16

Laboratorijas darbu stundu skaits32

Kursa apstiprinājuma datums12.01.2016

Atbildīgā struktūrvienībaDatoru sistēmu un datu zinātnes institūts

Kursa izstrādātājs

author

Egils Stalidzāns

Dr. sc. ing.

Kursa anotācija

Modeļa sastādīšana un tā izmantošana procesu prognozei un optimizācijai ir svarīgas prasmes mūsdienu biotehnoloģijā, medicīnā un ekoloģijā. Kursā apskatīts bioloģisku sistēmu modeļu izveides un pielietošanas cikls, kas ietver gan modeļa struktūras, gan tā dinamisko parametru noskaidrošanu nepilnīgas informācijas apstākļos. Par piemēriem tiek izmantoti dažādu mērogu modeļi – no šūnu procesu modeļiem līdz populācijas līmeņa modeļiem.

Kursa rezultāti un to vērtēšana

• Zināšanas par datormodeļu izveides galvenajiem posmiem izgūstot maksimālu informācijas daudzumu no pieejamajiem eksperimentālajiem datiem un literatūras;
• prasmes izvēlēties pieejamajam informācijas daudzumam atbilstošu modelēšanas tehniku, salīdzināt un kritiski izvērtēt dažādus literatūras avotus;
• kompetence izmantot modelēšanas tehnikas dažādu bioprocesu uzlabojumu veikšanai aizvietojot eksperimentus ar datorsimulācijām, spēt pārliecināt biotehnoloģiski orientētu uzņēmumu vadību par modelēšanas pieejas efektivitāti.

Kursa saturs(kalendārs)

1 Struktūrmodeļa izveide.
2 Struktūrmodeļa izveide.
3 Struktūrmodeļa izveide.
4 Dinamiskā modeļa izveide.
5 Dinamiskā modeļa izveide.
6 Dinamiskā modeļa izveide.
7 Dinamiskā modeļa izveide.
8 Dinamiskā modeļa izveide.
9 Dinamiskā modeļa izveide.
10 Dinamiskā modeļa izveide.
11 Dinamiskā modeļa izveide.
12 Dinamiskā modeļa optimizācija.
13 Dinamiskā modeļa optimizācija.
14 Dinamiskā modeļa optimizācija.
15 Dinamiskā modeļa optimizācija.
16 Dinamiskā modeļa optimizācija.

Prasības kredītpunktu iegūšanai

Izstrādāts un aizstāvēts praktiskais darbs.

Obligātā literatūra

1. Selga T. Šūnu bioloģija. Rīga: LU Akadēmiskais apgāds. 2008. 343 lpp.
2. Palsson B. O. Systems Biology: Properties of Reconstructed networks, Cambridge University Press, 2006.
3. Renshaw E. Modelling biological populations in space and time. Cambridge University Press, 1995.

Papildliteratūra

1. Szallasi Z., Stelling J., Periwal V. System Modelling in Cell Biology from concepts to nuts and bolts, MIT Press, 2006.

Piezīmes

Speciālā kursa obligātais studiju kurss akadēmiskajā maģistra studiju programmā.